Latest news

Séquençage de l'exome pour le diagnostic clinique

Le séquençage de l'exome est un test très utile en tant qu'outil de diagnostic clinique , car il permet l'identification de variations génétiques capables de provoquer différents types de maladies.

Un exome est connu comme la partie du génome formée par les exons, qui sont les fractions d'ADN responsables du codage des protéines d'un organisme. Ainsi, l'étude de l'exome est l'un des moyens les plus complets et les plus complexes d'analyser notre ADN , car il existe de nombreuses maladies ou pathologies associées à des altérations ou des variantes.

Qu'est-ce que le séquençage d'exome?


Le séquençage de l'exome entier est une méthode de séquençage de masse (NGS) largement utilisée pour analyser l'ADN des régions codant pour les protéines du génome.

En chiffres, il faut tenir compte du fait que si l'exome humain représente moins de 2% du génome, il contient environ 85% des variantes connues liées aux pathologies .

De cette manière, le séquençage de l'exome devient l'une des méthodes les plus intéressantes de diagnostic clinique , sans avoir à recourir au séquençage du génome entier.

Avantages du séquençage des exomes


Le séquençage des exomes présente plusieurs avantages dans le domaine d'application clinique.

D'une part, il se distingue par sa rentabilité dans les cas où le séquençage de l'ensemble du génome n'est pas nécessaire . Ainsi, l'analyse unique des régions codantes du génome permet aux chercheurs de concentrer leurs efforts sur les gènes les plus susceptibles d'affecter la maladie et offre une combinaison efficace et rentable en termes de coût et de temps.

Un autre avantage à prendre en compte dans le séquençage des exomes est l'économie de l'information, en produisant un ensemble de données plus petit et plus gérable ce qui facilite les temps d'analyse pour être beaucoup plus courts par rapport à tests de séquençage du génome entier.

Dans le domaine de la recherche , le séquençage d'exome a également de multiples applications pour détecter des variantes génétiques pouvant conduire à l'apparition de maladies humaines , aussi bien dans le domaine du cancer, que dans les troubles mendéliens et l'hérédité plus complexe .
Dans le domaine du séquençage d'exome, Bioarray fonctionne avec la plate-forme Illumina NovaSeq, en utilisant le kit de capture Agilent SureSelect Human All Exon V6. Ces systèmes permettent une efficacité d'enrichissement la plus élevée, atteignant 90% d'uniformité de couverture et plus de 90% de nucléotides séquencés à une profondeur de 20X .

Cependant, nous comprenons l'importance de pouvoir indiquer le détail des résultats du séquençage de l'exome. Pour cela, chez Bioarray, nous proposons une étude bioinformatique complète du résultat du séquençage, avec toutes les variantes trouvées et la possibilité d'un impact clinique.

 

Nouveaux outils de séquençage d'exome


Ontologie du phénotype humain (HPO)


Il existe des milliers de maladies héréditaires chez l'homme, chacune ayant une combinaison spécifique de caractéristiques phénotypiques .

C'est pourquoi, depuis longtemps, les chercheurs et les professionnels de la recherche et de la santé recherchent des outils permettant d'analyser les corrélations phénotypiques des mutations génétiques pour découvrir les fonctions biologiques des gènes et avancer dans la recherche dans cette zone.

Aujourd'hui, grâce à la bioinformatique et aux outils d'analyse computationnelle, des plates-formes telles que l ' ontologie du phénotype humain (HPO) https://hpo.jax.org/app/ qui a été développé dans le but de couvrir toutes les anomalies phénotypiques couramment rencontrées dans les maladies monogéniques humaines.

Séquençage de l'exome pour la détection des CNV


Le développement de nouvelles bases de données et les progrès de la technologie ont permis à la bioinformatique d'utiliser les données du séquençage d'exome pour trouver des variantes du nombre de copies (CNV) , à la fois des suppressions et des duplications, qui bien qu'ils nécessitent une validation à l'aide d'autres techniques telles que MLPA ou microarrays, ils peuvent être montrés à partir de l'exome.

Le fait est que le séquençage des exomes est devenu l'un des outils les plus adaptés à l'analyse des CNV, car il permet d'obtenir une très bonne couverture des régions d'analyse à moindre coût.

De cette manière, le séquençage d'exome inaugure une nouvelle ère où la génétique et la bioinformatique deviendront des outils de guidage pour diagnostiquer les pathologies dans le secteur clinique et améliorer le domaine de la recherche, avec de nouvelles et meilleures avancées.