Microarrays de ADN

Tecnología aplicada

Bajo la plataforma genómica de alta resolución de Agilent ofrecemos diversos tipos de microarrays:

Los microarrays de ADN pueden detectar diversas alteraciones en el ADN:

– Detección de SNP:

Polimorfismos de un nucleótido (SNPs, de sus siglas en inglés). Este tipo de mutaciones afecta de forma muy diversa al producto de expresión del gen afectado (generalmente una proteína). Esta proteína puede dejar de ser funcional, modificar su actividad, o incluso ser una mutación silenciosa y no afectar en nada.

– Array CGH:

El array CGH (cariotipo molecular) es una técnica utilizada en diagnóstico genético, que nos permite analizar el genoma completo de un individuo en busca de alteraciones de ganancia o pérdida de material genético, en un periodo de tiempo muy corto. Los array CGH (cariotipo molecular) utilizados por Bioarray, están avalados por la empresa Agilent technologies, líder mundial en el desarrollo de plataformas de oligonucleótidos. Estos array CGH (cariotipo molecular)permiten la detección de deleciones o duplicaciones de material genómico con una resolución de 200Kb.

¿Por que utilizar esta nueva tecnología?

Aproximadamente, el 0.6% de los niños nacidos tiene un reordenamiento cromosómico no balanceado detectado mediante el análisis del cariotipo convencional. El array CGH (cariotipo molecular) se ha introducido recientemente para identificar alteraciones cromosómicas en pacientes con patología, pero sin alteraciones en el cariotipo.

Durante este tiempo se ha puesto en evidencia que esta tecnología es más sensible y eficiente que el cariotipo convencional, para la detección de duplicaciones o deleciones cromosómica, puesto que la resolución de los array CGH (cariotipo molecular) es al menos 10 veces superior a la de un cariotipo convencional (cuya resolución máxima es de 5 megabases).

Bioarray dispone de array CGH (cariotipo molecular) de oligonucleótidos que cubren el genoma completo con distintas resoluciones.

Los diseños de los array CGH (cariotipo molecular) de Agilent Technologies, están especialmente orientados a la detección de alteraciones con repercusión clínica.

Desde el punto de vista coste/beneficio es necesario tener en consideración que esta tecnología equivale a cientos de ensayos FISH combinados, a lo largo de todo el genoma. Por ello el array CGH (cariotipo molecular) debe considerarse como la primera alternativa en el estudio de ganancias o pérdidas de material genómico.

¿Cual es el funcionamiento del array-CGH?

El array CGH (cariotipo molecular) permite comparar el número de copias de ADN, entre una muestra a testar y un control sano.

Ambos ADNs son marcados con diferentes colores e hibridados, conjuntamente en el array. El análisis se realiza de una manera cuantitativa, calculando la proporción de ADN de cada color para cada región genómica del caso a estudiar con respecto al control sano.

Las ganancias o pérdidas detectadas son analizadas para descartar la presencia de estas variaciones en la población sana. Así mismo, se consultan diferentes bases de datos para determinar la relación entre el cuadro clínico del paciente y las alteraciones observadas.

En algunos casos, la presencia de alteraciones no descritas previamente, hace necesario el estudio de los padres para descartar la posibilidad de que sea una alteración heredada, que no sea responsable del cuadro clínico del paciente. Finalmente, antes de solicitar esta prueba es importante tener en consideración las limitaciones de esta tecnología. Con los array CGH (cariotipo molecular) no se podrán diagnosticar aquellas alteraciones que no supongan una pérdida o una ganancia de material genómico, tales como: las mutaciones puntuales, las translocaciones o las inversiones balanceadas.

¿Cuando es aconsajable el uso del array CGH?

El array CGH (cariotipo molecular) está indicado en pacientes con cariotipo normal y un cuadro clínico con:

• Retraso mental o del desarrollo no explicado.
• Anomalías congénitas o rasgos dismórficos.
• Desordenes autistas o presentaciones clínicas que sugieran un síndrome cromosómico concreto.

Además, está indicado en cariotipos alterados:

• En pacientes con translocaciones aparentemente balanceadas con un fenotipo clínico anormal.
• En presencia de duplicaciones o deleciones en el cariotipo para determinar los límites de las región alterada.
• Cuando se identifiquen cromosomas marcadores, para determinar su origen.

– Expresión:

Miden los niveles de expresión de los genes de interés. Esta técnica es fundamental en el estudio de enfermedades relacionadas con niveles de expresión anormales, como por ejemplo muchos tipos de cáncer, en los que se han descrito una serie de genes sobreexpresados.

– ChIP-on-Chip:

Este tipo de arrays sirven para monitorizar la unión de proteínas al ADN en áreas alrededor de los promotores.

– Metilación:

Permite monitorizar la metilación en islas CpG, áreas alrededor de promotores y regiones definidas.

– miARN:

Son microarrays que permiten la obtención del perfil de expresión de este tipo de ARNs.